技術介紹       數據分析       經典案例       常見問題

案例1  轉錄組測序揭示大鼠11個器官，4個不同發育階段的轉錄信息

研究背景

       大鼠常作為化學毒性及藥物作用機理研究的模式生物，但我們對大鼠的各個器官、各個發育階段的轉錄信息還不太了解。本研究使用轉錄組測序技術對大鼠各器官各階段的320個樣本進行測序分析。

研究方法

研究結果

1  聚類熱圖展示來自320個大鼠樣本40064個基因的表達量 。

2  Circos圖，展示器官之間兩兩基因表達量差異數量。

3  性別特異性聚類與GO富集術語的關系。

4  趨勢分析揭示四個階段間基因的變化走勢。

5  各器官之間表達量相關性分析 。

研究結論

       共檢測到40,064個基因，65,167個轉錄本，31,909個可變剪切，2,367非編碼RNA，并建立了大鼠不同器官、不同發育時期的表達譜數據庫。

案例2  轉錄組測序揭示玉米胚乳發育階段的基因表達譜

研究背景

        大鼠常作為化學毒性及藥物作用機理研究的模式生物，但我們對大鼠的各個器官、各個發育階段的轉錄信息還不太了解。本研究使用轉錄組測序技術對大鼠各器官各階段的320個樣本進行測序分析。胚乳是被子植物在雙受精過程形成的滋養組織，在胚胎發育和幼苗發芽階段扮演著重要角色。胚乳中富含的碳水化合物和蛋白質也是提供人類食物中的重要部分。然而，我們對胚乳形成和分化的基因調控網絡了解很少。本文對授粉后12天內，8個階段的核及胚乳的mRNA進行表達譜分析。

研究方法

研究結果

1  聚類熱圖展示來自320個大鼠樣本40064個基因的表達量 未授粉（0 DAP）、早期核發育階段（2-6 DAP）、胚乳發育階段（8-12 DAP）基因表達Venn圖。

2  各個階段差異基因表達趨勢圖。

研究結論

       本研究得到了胚乳早期發育階段基因的時空動態表達，這些基因涉及到一系列的發育過程，包括多細胞核體轉運，細胞分化，胚乳有絲分裂增值等。

1、A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. [Nature Communications, 2014]
2、Temporal patterns of gene expression in developing maize endosperm identified through transcriptome sequencing. [PNAS, 2014]