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相關文獻
經典案例
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高分辨率轉錄組圖譜揭示多個彎曲菌菌株特異性調控方式
研究背景
大鼠常作為化學毒性及藥物作用機理研究的模式生物，但我們對大鼠的各個器官、各個發育階段的轉錄信息還不太了解。本研究使用轉錄組測序技術對大鼠各器官各階段的320個樣本進行測序分析。地黃是古代廣泛使用的一種中草藥，富含生物活性環烯醚萜。盡管具備巨大的藥用性，我們對這種植物合成環烯醚萜相關的分子知識一無所知。為了研究它的基因組，并且研究與環烯醚萜相關的基因，我們進行了大規模的平行測序。當前，彎曲菌是導致人類細菌性胃腸炎的主要原因。多個菌株的比較發現其具有高度的遺傳和表型變異。但，我們對轉錄組層面、基因表達、small RNA的情況了解很少。本研究進行了4個菌株的轉錄組比較分析。
研究方法
研究結果
1 2/+TEX 文庫reads基因組比對分布圖。
研究結論
基因高分辨率的轉錄圖譜分析在全基因組的尺度上揭示幾種彎曲菌調控要素及保守位點。本次分析改善了TSS注釋方法，并提出了菌株特異性TSS的概念及sRNA的情況。這些菌株特異性的轉錄特征讓我們看到了為什么基因組上高度保守，但菌株表型卻又很大差異。我們新的TSS注釋方法可以很容易的推廣到多種菌株或多個條件，也可能會同樣用于真核轉錄組的注釋。
參考文獻
High-Resolution Transcriptome Maps Reveal StrainSpecific Regulatory Features of Multiple Campylobacter jejuni Isolates. [PLoS Genetics, 2013]
