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經典案例
單分子測序技術研究高粱轉錄本
研究背景
mRNA前體的可變剪切和可變多腺苷酸化極大的影響了轉錄本的多樣性，編碼能力，影響了基因組和基因的調控機制。二代測序廣泛用于轉錄組分析。然而短序列reads的主要缺點是不能準確的預測全長可變剪切。本研究通過Pacific Biosciences單分子實時測序技術檢測了高粱轉錄本，并且開發了一個流程TAPIS（轉錄本異構體分析流程）用來鑒定全長剪切異構體和可變多腺苷酸化位點。
研究方法
研究結果
1 異構體測序分析流程
2 a：可變剪切數量；b：基因產生異構體的數量；c：一個基因產生13個新的剪切異構體。
3 PCR驗證lso-seq鑒定得到的剪切異構體。
4 可變多腺苷酸分析。a：poly(A) 位點分布數量；b：3'UTR具有多腺苷酸化位點的轉錄本；c：PCR多腺苷酸化位點驗證。
研究結論
我們的分析展示了轉錄組層面的全長異構體，并得到了多達11000個新的剪切體。而且我們得到了11000個表達基因的可變多腺苷酸化位點和超過2100個新基因。這些結果極大的改善了高粱基因注釋并且對基因調控進行了補充。轉錄本剪切體分析流程對于各種生物Iso-Seq數據分析是一個有用的工具。
參考文獻
A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. [Nature Communications, 2016]
