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經典案例
尋找結腸癌細胞中可能的miRNA-mRNA聯系
研究背景
miRNAs是一類短的非編碼RNA能夠在多種生物過程中介導基因的表達，包括癌變。本研究通過Ago1和Ago2免疫共沉淀實驗研究34、45、103 miRNAs與164、391、81 mRNAs的關系。我們使用RIP-Seq分析,共沉淀得到的RNA進行sRNA與mRNA大規模測序。分析發現，盡管Ago1和Ago2兩者共享一些miRNAs，但對mRNAs的調控可能是不同的。
研究方法
研究結果
1 RIP-Seq分析可能的miRNA-mRNA關聯。A：RIP-Seq分析流程；B：miRNAs qPCR驗證；C：mRNAs qPCR驗證；D：miRNAs 富集倍數分布；E：mRNAs 富集倍數分布；F：miRNAs 總體表達量相關性；G：mRNAs 總體表達量相關性。
2 Ago富集得到的miRNAs與mRNA以及兩者可能的聯系。A，B miRNA、mRNA鑒定所占比例；C，D：重疊部分；E，F：PhastCons分析進化保守位點。
研究結論
Ago1 IP分析發現，基因頻繁的發揮功能，并且受到少量的miRNAs的調控，并且可能是一些更為保守的調控。而Ago1 IP的結果更多的是與信號轉到基因相關，并存在大量的miRNAs結合位點。
參考文獻
Screening for possible miRNA–mRNA associations in a colon cancer cell line. [Gene, 2014]
