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經典案例
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外顯子測序研究巴雷特食管和腺癌
研究背景
巴雷特食管通過一系列的事件發展成食管腺癌，其中包括CDKN2A的功能喪失、p53的抑制和染色體的非整倍性。本研究我們對25對食管腺癌進行外顯子測序。
研究方法
研究結果
1 巴雷特食管相比于其他癌癥突變頻率高，而基因組擴增少。a：巴雷特食管，巴雷特發育不良，腺癌與其他癌的比較；b：25個樣本的突變頻率；c：樣本中片段丟失的頻率；d：樣本中擴增的頻率。
2 配對分析顯示巴雷特食管的致癌基因擴增較少。
3 在非基因組加倍的腺癌中腫瘤抑制因子的突變更為頻繁。a：突變頻率分布；b：PATHWAY富集分析。
4 基因組加倍的腺癌基因組高頻擴增主要在細胞周期調控因子和轉錄因子。
研究結論
分析顯示TP53突變會在巴雷特食管早期如非增生性上皮中出現，然后會出現致癌基因的擴增。對食管腺癌外顯子進一步分析發現約62.5%的食管腺癌病人出現基因組加倍而那些有基因組加倍的腫瘤卻又不同的基因組改變特征，常伴隨著更高頻率的致癌基因擴增以及腫瘤抑制因子的抑制，包括CDKN2A。這些數據暗示食管腺癌的發生并不是通過腫瘤抑制因子的逐漸積累，而是通過更為直接的方式即TP53突變引起的基因組加倍，和伴隨而來的致癌基因的擴增。
參考文獻
Paired Exome Analysis of Barrett’s Esophagus and Adenocarcinoma. [Nature Genetics, 2015]
